[Aleksej]

Если рассматривать Fakturēķins как налоговый счет, то он выписывается за любую облагаемую налогом поставку товаров или услугу, и содержит рассчитанную сумму налога и общую сумму сделки.

Что бы выйти из ситуации - В программе можно ввести строчку с минусовым значением и названием услуги "jau sanemts avans ". И распечатать счёт.
Только в таком виде не надо проводить и оставлять.
Проводить стоит без минусовой строки, и заполненной закладкой "зачёт аванса".