Такое сообщение - это нормально нажимать надо ДА
смысл в том что файл который вы загружаете с изменениями , но перед тем как отсылать файлы обновлений их тщательно проверяем.
Но предупреждение всегда будет. И будьте внимательны какой файлик 1cv7.md выбираете.
А что бы боло совсем спокойно и нам и вам, сделайте архив базы данный (Администрирование - Сохранить данные...)