Впринципе все равно база бухгалтерская или складская по своей файловой структре и принципу работы это одно и тоже. Возможно что у Вас складская база битая попробуйте взять из архива.
И проверьте что НОД32 автоматически не сканирует папки с базами на сервере и на рабочей станции!!!
П.С. Только не говорите, что у вас ежедневно не делаются автоматические архивы базы данных
