Может быть Вы имеете в виду НДС Декларацию? Может НДС приложение? Или НДС в документе, каком? Или сравниваете проводки? И или соответствия регистров? Или полное соответствие по реквизитам? Или на печатную форму НДС невыводится?

Если Вы всё скопировали, то всё должно быть идентично. Если что-то удаляли, то что-то получится другим.